Dans l'Antiquité, Giens dont les cordons littoraux comportaient encore des passes navigables, faisait partie de l'archipel des Stœchades ("alignées", en grec) avec les autres îles d'Hyères. À l'Ouest du cordon occidental, sur le littoral, s'élevait la colonie grecque d'Olbia (la « prospère » en grec), devenue ultérieurement une cité romaine sous le nom de Pomponiana, mais abandonnée au VIIe siècle sous le règne de Gontran Ier, roi des Francs, d'une part en raison de la fermeture des passes dans les cordons (imposant aux vaisseaux de contourner toute la presqu'île) et d'autre part en raison des invasions barbares (la population se réfugie sur les hauteurs, entre-autres à Arearum Castrum : Hyères).

Au VIIIe siècle, les Sarrasins s'installent dans la région et y élèvent au moins des repères, si l'on en juge par le toponyme de l'Almanarre (autrefois écrit La Manarra, de l'espagnol almenara désignant un feu que l'on allumait sur les hauteur, un phare selon Frédéric Mistral ; de l'arabe Al-Manar : le « phare », l'« amer ») qui désigne depuis le Moyen Âge le site d'Olbia. Le 13 mars 1220, est fondée sur ce site (en réutilisant les pierres antiques) l'abbaye Saint-Pierre de l'Almanarre, tandis que l'étang des Pesquiers commence à être exploité par des sauniers, des éleveurs de poissons et des cultivateurs de cannes. La partie rocheuse de la presqu'île est alors boisée et comporte une vigie à son sommet. Plus tard, au XVIIe siècle, au bas de cette vigie, surplombant la mer, est élevée la batterie du Pradeau dite « tour Fondue » (déformation de Foundudo : « fendue, en ruine » en provençal). Progressivement un village, nommé Giens, se développe au sommet de la partie rocheuse, autour de la vigie et de son église Saint-Pierre et Notre-Dame-de-l'Assomption. Les habitants de la presqu'île sont appelés les Arbanais.

De 1848 à 1996, l'étang des Pesquiers a été en partie exploité comme marais salant, produisant jusqu'à 30 000 tonnes de sel par an.